Il Museo ospita alcune vetrine con oggetti liturgici prodotti tra XV e XIX secolo, provenienti in particolare dalle vicine chiese di Santa Lucia al Borghetto, San Lorenzo a Vigliano, Santa Maria al Morrocco, oltre che da San Pietro in Bossolo; da qui vengono anche due croci astili databili al XIII secolo.
Anche il dipinto più antico della raccolta risale alla seconda metà del Duecento: si tratta di una Madonna col Bambino su fondo oro, nel caratteristico stile bizantino della pittura fiorentina di quel periodo. La tavola è attribuita a Meliore di Jacopo ed era collocata in origine nell’oratorio di San Michele a Casaglia, sebbene da tempo si trovasse nella pieve di San Pietro.
Da San Giusto a Petroio fu spostata invece la Madonna col Bambino di Rossello di Jacopo Franchi dell’inizio del Quattrocento, che giunse a San Pietro nel 1718 con una grande processione e fu collocata in una cappella costruita per l’occasione, poiché ritenuta miracolosa. Le fotografie antiche testimoniano la presenza di oggetti di oreficeria (corone, anelli), posti sulla tavola in segno di omaggio e regalità: queste e altre aggiunte furono eliminate grazie al restauro del 1995.